磁共振介入手术在磁共振屏蔽室内进行的，磁共振介入导航具有室内操作控制台和磁体间内显示屏。室内操作控制台体积小巧、移动方便，可以在扫描室内进行各种磁共振操作，便于医师与技师随时沟通。磁兼容室内显示屏能清晰显示术中磁共振图像，既方便手术操作，又能实时监控手术全过程。下图为医生在进行磁共振介入手术。
图2 医生在磁共振屏蔽室内进行介入手术
使用设备及器械要求是磁兼容的，即不含铁质材料。含铁质的非磁兼容性物品受磁场的吸引会发生飞射，容易造成人身伤害。同时强磁场、梯度场及射频信号也会干扰非磁场兼容性设备的正常使用，当梯度场开启时心电导联会接收到强噪声信号，干扰正常的心电图波形。而磁流体动力因素也会影响通过心脏的血流，使正常的心电图波形发生变形。非磁兼容性设备工作时还会干扰MR 成像，使图像变形、出现伪影，是手术器械的磁敏感伪影或设备产生电子信号的电磁干扰造成的。由于低场开放式磁共振系统的磁场强度较低， 因而对设备与器械磁兼容性的要求会比超导高场磁共振相对降低。磁共振介入手术屏蔽室内需要消毒处理，例如紫外线灯空气消毒，扫描磁体、射频线圈覆盖无菌罩等。标准的磁共振介入手术室还应参照手术室的设计，配有医护人员更衣、洗手的洁净区，医护人员与患者通过不同的通道进入磁共振介入手术室。
磁共振介入手术中要有磁共振兼容性生命监护设备， 实时监控患者的心率、呼吸、血氧、血压等生理信息的变化，紧急情况下宜及时采取救治措施，保证手术过程的安全性。磁兼容麻醉设备通常用于全麻手术中， 目前一些微创介入治疗如氩氦刀冷冻、放化疗粒子植入或椎间盘旋切与臭氧消融等，由于治疗过程患者痛苦小，一般在局麻方式下即可完成。其他辅助设备如超声吸引器、外科显微镜、神经外科骨钻、神经刺激器、身体固定架、患者取暖加热器等会根据不同的手术而有所需要，这些设备如果放在屏蔽室内则要求是磁兼容的。
